O pagamento da bolsa de estágio, subsídio de refeição e despesas/subsídio de transporte é da responsabilidade da entidade promotora e deve ser obrigatoriamente efetuado por transferência bancária, não sendo permitido, em caso algum, a existência de dívidas a estagiários.

Em casos excecionais, devidamente justificados e previamente autorizados pelo IEFP, o pagamento pode ser realizado por outro meio que assegure a sua rastreabilidade, nomeadamente cheque nominativo, não sendo admitido o pagamento em numerário.